2009年学会成立伊始，相继成立了学术部、组织部、宣传部、秘书处等4个内设机构。
组织部主要职责是负责学会组织机构建设、规章制度制定、专业学术机构的设立及拟定各分支机构主要负责人的人选，还包括学会会员的发展、登记、管理，专业委员会（分会）管理等；学术部主要职责是负责学会及各专业委员会（分会）学术活动的计划制定、筹备召开，组织重点学术课题的研讨考察，开展国际学术交流和技术合作，组织继续教育培训、青年人才培养等；宣传部主要职责是负责科普宣传、科技咨询、义诊服务、科技成果推介、编发学会信息资料和科普读物，中医药文化的国际交流与推广，组织参加各种公益医疗活动和重大疾病的防治工作，“湖北省中医药科学技术奖”的评审等；秘书处主要职责是主持办事机构开展日常工作、内部管理及财务工作，组织实施年度工作计划，与上级主管部门的沟通汇报、各类申请报告及请示材料的报送，与兄弟学会的联络及交流等。
湖北省中医药学会自2010年开始筹备成立专业委员会，第一批成立了肾病、脑病、肝病、脾胃病、内分泌、推拿康复、风湿病、妇科、骨伤、中药、皮肤病等11个专业委员会和分会，2011到2017年，相继成立了五批共18个专业委员会、分会和工作委员会，即肛肠、男科、儿科、美容、眼科、肺系病、络病、老年医学、中医经典、神志病、肿瘤、亚健康、名医学术传承研究、李时珍研究、膏方、心病、综合医院中医药工作、耳鼻喉科等。目前，学会共有29个专业委员会、分会和工作委员会，尚有2个专业委员会正在筹备组建中。
肾病专业委员会 2015年8月完成换届，第二届委员会主任委员由湖北省中医院王小琴主任医师担任，副主任委员由巴元明、周文祥、陈琢、张莹雯、潘和长、李长春、高智等同志担任。
脑病专业委员会 2014年11月已完成换届，第二届委员会主任委员由湖北省中医院丁砚兵主任医师担任，副主任委员由柳朝阳、张思忠、方之勇、冯方俊、邱厚道、张醒民等同志担任。
肝病专业委员会 2014年10月已完成换届，第二届委员会主任委员仍然由湖北省中医院罗欣拉主任医师担任，副主任委员由张双斌、费新应、朱清静、黄元成、程良斌、曾浩等同志担任。
脾胃病专业委员会 2015年7月完成换届，第二届委员会主任委员由湖北省中医院叶松主任医师担任，副主任委员由时昭红、李云文、张平、刘惠武、马保华等同志担任。
内分泌专业委员会 2015年9月完成换届，第二届委员会主任委员由湖北中医药大学向楠教授担任，副主任委员由陆付耳、郑承红、胡爱民、周水平、严洪波、肖万泽等同志担任。
推拿专业委员会 2014年11月已完成换届，第二届委员会主任委员仍然由湖北省中医院赵焰主任医师担任，副主任委员由高扬、齐凤军、方晓明、王俊华、田峻、刘肖瑜等同志担任。
风湿病专业委员会 2014年12月完成换届，第二届主任委员由洪湖市中医医院周祖山主任医师担任，副主任委员由杨德才、李建武、镇水清、李拥等同志担任。
妇科专业委员会 2015年7月完成换届，主任委员由荆州市中医医院黄缨主任医师担任，副主任委员由周忠明、张迎春、贺漪、李爱斌、朱明宸、李红梅等同志担任。
骨伤专业委员会 2014年12月已完成换届，主任委员由武汉市中医医院董晓俊主任医师担任，副主任医师由何承建、蔡兵、刘鹏、刘洋、张云飞、陈剑锋、郭晓东等同志担任。
中药分会 2015年6月完成换届，主任委员由湖北中医药大学郑国华教授担任，副主任委员由胡晓雪、梅之南、方建国、徐华斌、聂晶杜士明、王兵娥等同志担任。
皮肤专业委员会 2015年4月完成换届，主任委员由武汉市中西医结合医院王玮蓁主任医师担任，副主任委员由肖建桥、徐爱琴、石年、梁虹、姜功平、张俊等同志担任。
肛肠专业委员会 2011年5月成立，2016年5月22日完成换届工作。第二届委员会主任委员由武汉马应龙中西医结合肛肠医院张燕生主任医师担任，副主任委员由林爱珍、俞立民、陈惠华、郑科焱、伍桂友等同志担任。
男科专业委员会 2011年5月成立，2016年6月25日完成换届工作。第二届委员会主任委员由湖北中医药大学曹继刚教授担任，副主任委员由李俊、刑鲁斌、尹国良、张长城、邹如政等同志担任。
儿科专业委员会 2011年5月成立，2016年11月5日完成换届工作。第二届委员会主任委员由湖北省中医院向希雄主任医师担任，副主任委员由鲁艳芳、范华、鄢素琪、徐辉甫、叶冬兰、刘素文等同志担任。
美容专业委员会 2012年11月成立，主任委员由湖北中医药大学林俊华教授担任，由于林俊华主任去世，暂由湖北省中医院胡霜红主任医师担任，副主任委员由王玮蓁、王晓霞、段波、王圣祥等同志担任。
眼科专业委员会 2013年5月成立，主任委员由湖北省中医院李杜军主任医师担任，副主任委员由秦大军、曾巍、沈正伟、程旭康、程远、李世莲等同志担任。
肺系病专业委员会 2013年5月成立，主任委员由湖北省中医院杨毅主任医师担任，副主任委员由陈华、谭启荣、陈杰、罗光伟等同志担任。
络病专业委员会 2017年9月9日完成换届，第二届委员会主任委员由湖北省中医院程伟主任医师担任，副主任委员由王进、宋恩峰、郭小梅、胡爱民、罗利俊、王杨淦等同志担任。
老年医学专业委员会 2013年5月成立，主任委员由湖北中医药大学王平教授担任，副主任委员由孙勤国、甘爱萍、范恒、李智杰、袁德培等同志担任。
神志病专业委员会 2015年5月成立，主任委员由十堰市中医医院赵和平主任医师担任，副主任委员由周晓宁、李江玉、龚传鹏、魏丹等同志担任。
经典专业委员会 2015年5月成立，主任委员由湖北中医药大学李家庚教授担任，副主任委员由崔金涛、刘建忠、刘松林、吕文亮、马作峰、谢沛霖、张德忠等同志担任。
肿瘤专业委员会 2015年5月成立，主任委员由武汉市中西医结合医院胡作为主任医师担任，副主任委员由罗秀丽、甘宁、唐万和、朱学明等同志担任。
膏方专业委员会 2015年10月成立，主任委员由武汉市中医医院张义生主任医师担任，副主任委员由许汉林、丁砚兵、乐才文、严光俊等同志担任。
亚健康专业委员会 2015年11月成立，主任委员由华中科技大学同济医学院附属协和医院范恒主任医师担任，副主任委员由巴元明、谢沛霖、彭锐、黄金元、周继刚等同志担任。
名医学术传承研究分会 2016年8月20日成立，主任委员由湖北省中医院巴元明主任医师担任，副主任委员由王汉明、陈刚、李智杰、李成年、陈新胜、谢沛霖等同志担任。
综合医院中医药工作委员 2017年7月15日成立，主任委员由华中科技大学附属同济医院陆付耳教授担任，副主任委员由宋恩峰、范恒、张莹雯、鄢素琪、孙勤国、张迎春等同志担任。
心病专业委员会 2017年6月23日成立，主任委员由湖北省中医院吴斌主任医师担任，副主任委员由祝炜、陈朝金、胡晓军、朱浩等同志担任。
耳鼻喉科专业委员会 2017年12月23日成立，主任委员由湖北省中医院邓可斌主任医师担任，副主任委员由刘卫红、海光辉、祝君红、梁武东等同志担任。
李时珍研究分会 2016年5月20日成立，主任委员由湖北中医药大学黄必胜教授担任，副主任委员由刘建忠、曾勇、徐智斌、石新华、肖璜、王剑等同志担任。
